El objetivo del SEPASEVM es fomentar un proceso de cambio profundo que comience al interior de las instituciones de gobierno. Lo anterior, con el objeto de evitar que en las dependencias de la Administración Pública Estatal se continúen reproduciendo los roles y estereotipos de género que inciden en la desigualdad, la exclusión y discriminación, mismos que repercuten negativamente en el éxito de las políticas públicas.

De igual forma, el SEPASEVM se encuentra alineado con el Sistema Nacional para Prevenir, Atender, Sancionar y Erradicar la Violencia contra las Mujeres (SNPASEVM), que, a su vez, surge de la Ley General de Acceso de las Mujeres a una Vida Libre de Violencia, razón por la cual, aunado a los objetivos de su creación, el Sistema Estatal nace para brindar a la federación las herramientas necesarias para generar acciones focalizadas a nivel nacional y estatal.